北京大学科协第一届委员会主席是陈佳洱院士，秘书处挂靠北京大学科学研究部，科学研究部部长任秘书长。

2014年5月北京大学科协换届，许智宏院士任第二届委员会主席，秘书处挂靠北京大学科学研究部，科学研究部部长任秘书长。

2022年12月学校研究决定，北京大学科协秘书处由科学研究部调整到创新创业学院。

2023年11月19日，北京大学科协召开第三次代表大会，会议选举朱彤院士担任北京大学科协第三届委员会主席，高原宁院士、梅宏院士、董尔丹院士当选为北京大学科协第三届委员会副主席，王坚成等17人当选为北京大学科协第三届委员会常务委员。丛中笑等54人当选为北京大学科协第三届委员会委员。

目前，北京大学科协秘书处挂靠创新创业学院，创新创业学院院长任秘书长，副院长任常务副秘书长，党委宣创部、科学研究部、医学部科研处、科技开发部、社会科学部、教务长办公室、校团委等相关部门负责人为副秘书长。

北京大学科协是北京高校科协联盟理事长单位（2024年）。

北京大学是中国公众科学素质促进联合体副理事长单位（2019年）